Projekt

Transplant

Projekt

Sep. 2013 - dato

Im Rahmen des Regio 13 Projekts "Transplant – Marker für humorale und zelluläre Abstoßung nach Nierentransplantation" (Konsortialführer: Blutzentrale des OÖRK) wird erforscht, ob und wie sich Next-Generation Sequencing (NGS) von B- und T-Zell-Rezeptoren dazu eignet, den Zustand von Nierentransplantaten schneller und spezifischer zu untersuchen. Ziel ist eine deutliche Verbesserung des Transplantatmonitorings sowie die Erhöhung der Funktionsdauer von transplantierten Organen.

Aufgabe der Forschungsgruppe Bioinformatik in diesem Projekt ist die Entwicklung und Implementierung von Algorithmen für die Zuordnung von Gen-Sequenzen zu bestimmten Gen-Gruppen, um eine Aussage über das genetische Variationsspektrum der vorhandenen Immunzellen treffen zu können. Aufbauend auf Daten von der IMGT-Datenbank wird nach einem oder mehreren dominanten Klonen gesucht; sollte sich ein Klon in der Quantität seines Auftretens signifikant von den anderen unterscheiden, so ist dies ein Zeichen dafür, dass entweder eine gerichtete (z.B. Organ­abstoßung) oder ungerichtete (z.B. Lymphome) Proliferation einer B- oder T-Zelle im Gange ist.


Forschungsprogramm

Auftragsprojekt


2015
M. Danzer, J. Weinberger, R. Jimenez-Heredia, S. Schaller, S. Süssner, S. M. Winkler, J. Sunzenauer, R. Oberbauer, H. Steitzer, C. Gabriel - Profiling the T- and B-cell receptor repertoire of a patient with acute kidney rejection by high-throughput sequencing - Proceedings of the 29th European Immunogenetics… mehr
2014
S. Schaller, J. Weinberger, M. Danzer, C. Gabriel, R. Oberbauer, S. M. Winkler - Mathematical Modeling of the Diversity in Human B and T Cell Receptors using Machine Learning - Proceedings of the 26th European Modeling and Simulation Symposium EMSS 2014, Bordeaux, Frankreich, 2014 mehr
2014
J. Weinberger, R. Jimenez-Heredia, S. Schaller, M. Danzer, J. Sunzenauer, S. Süssner, H. Polin, S. M. Winkler, R. Oberbauer, C. Gabriel - Next-generation sequencing based receptor repertoire analysis reveals that expanded B- and T-cells can be found in renal tissue as well as in peripheral blood - Proceedings… mehr
2014
S. Schaller, J. Weinberger, M. Danzer, S. M. Winkler - ImmunExplorer: A Framework for NGS-based Characterization and Visualization of the Human Immune System - Proceedings of the 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Boston, Vereinigte Staaten von Amerika,… mehr