Fakultät

Research Group Bioinformatik

In der Bioinformatik unterstützt die FH OÖ-ForscherInnen SpezialistInnen aus den Lebenswissenschaften, wie ÄrztInnen, BiologInnen und GenetikerInnen, mit intelligenten Softwaresystemen zur Analyse molekularbiologischer Daten und zur Simulation von biologischen Prozessen.

Allgemein versteht man unter „Bioinformatik" jenes Teilgebiet der Informatik, dessen Ziel es ist, Grundlagen für die Verwaltung und Integration biologischer Daten zu schaffen und auch verschiedenste Analysen für diese speziellen Daten zu entwickeln. Bekannte algorithmische Ansätze der Bioinformatik sind Algorithmen für die Genomik, für die Sequenzanalyse, für die Proteomik (Erforschung des Proteoms, d.h. der in einem Lebewesen gefundenen Proteine), für die Strukturbioinformatik, und nicht zuletzt auch die Anwendung von Methoden des maschinellen Lernens in der Analyse biologischer Daten.


2019
R. Reindl-Schwaighofer, J. Vetter, J. Weinberger, S. Schaller, A. Heinzel, G. Gualdoni, C. Aschauer , K. Jelencsics , K. Hu, S. M. Winkler, R. Oberbauer - T-Cell Repertoire of Tissue Infiltrating T-Cells at Time of Rejection - Proceedings of the American Transplant Congress, Boston, Vereinigte Staaten… mehr
2019
J. Vetter, J. Burghofer, T. Malli, G. Webersinke, W. Kranewitter, M. Wiederstein, S. Schaller, S. M. Winkler - A Bioinformatics Pipeline for Identifying Point Mutations in CML Patients - Proceedings of the 27th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Basel,… mehr
2019
S. Dorl, S. M. Winkler, K. Mechtler, V. Dorfer - MS Ana: A spectral library search engine optimized for high-accuracy fragment ion data - Proceedings of the 2019 EuBIC Winter School on proteomics bioinformatics, Zakopane, Polen, 2019 mehr
2018
J. Vetter, S. M. Winkler, T. Fraunhofer, S. Schaller - High-throughput Immune Repertoire Sequencing Analysis using the Software ImmunExplorer - Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, Vienna, Österreich, 2018 mehr
2018
S. Willems, D. Bouyssie, D. Deforce, V. Dorfer, V. Gorshkov, D. Kopczynski, K. Laukens, M. Locard-Paulet, V. Schwämmle, J. Uszkoreit, D. Valkenborg, M. Vaudel, W. Bittremieux - Proceedings of the EuBIC developer's meeting 2018 - Journal of Proteomics, 2018, pp. 25-27 mehr
2018
J. Vetter, G. Halmerbauer, K. Arthofer, S. Schaller, C. Ausch, A. Shamiyeh, W. Schauer, T. Koenigswieser, S. M. Winkler - (Retrospektive) Prädiktion von medizinischen Komplikationen auf Basis von Routinedaten in Krankenhäusern mittels Multi-Model-Ensembles - Proceedings of the 4th Kepler Science Day,… mehr
2018
V. Dorfer, S. Maltsev, S. M. Winkler, K. Mechtler - CharmeRT: Boosting Peptide Identifications by Chimeric Spectra Identification and Retention Time Prediction - Journal of Proteome Research, 2018, pp. 2581-2589 mehr
2018
S. M. Winkler, S. Schaller, V. Dorfer, A. Haghofer, J. Vetter, M. Affenzeller - White Box Modeling, Variable Impact Analysis, and Interaction Network Identification in Biological and Medical Data Using Symbolic Regression - Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, Vienna, Österreich,… mehr
2018
E. W. Deutsch, Y. Perez-Riverol, R. J. Chalkley, M. Wilhelm, S. Tate, T. Sachsenberg, M. Walzer, L. Käll, B. Delanghe, S. Böcker, E. L. Schymanski, P. Wilmes, V. Dorfer, B. Küster, P. Volders, N. Jehmlich, J. Vissers, D. W. Wolan, A. Y. Wang, L. Mendoza, J. Shofstahl, A. W. Dowsey, J. Griss, R. Salek,… mehr
2017
S. Dorl, S. M. Winkler, K. Mechtler, V. Dorfer - Identifying tandem mass spectra of phosphorylated peptides before database search using machine-learning - Proceedings of the 2017 EuBIC Winter School on proteomics bioinformatics, Semmering, Österreich, 2017 mehr
2017
K. Pröll - DEEP LEARNING APPROACHES FOR SMALL DIMENSIONAL BIOMEDICAL DATA - Proceedings of the 29th European Modeling and Simulation Symposium EMSS 2017, Barcelona, Spanien, 2017, pp. 176-180 mehr
2017
M. Pavic, K. Bouchal, S. Fregnan, F. Hametner, M. Luckeneder, S. Weinzinger, J. Weinberger, S. M. Winkler, S. Schaller - ImmunExplorer Online: Implementation of a Webservice for Analyzing Clonality and Diversity of NGS Data - Proceedings of the 25th Annual International Conference on Intelligent Systems… mehr
2017
S. Dorl, S. M. Winkler, K. Mechtler, V. Dorfer - PhoStar: Identifying Tandem Mass Spectra of Phosphorylated Peptides before Database Search - Journal of Proteome Research, 2017 mehr
2016
S. Dorl, S. M. Winkler, K. Mechtler, V. Dorfer - Identifying tandem mass spectra of phosphorylated peptides before database search using machine-learning - Proceedings of the Austrian Proteomics Research Symposium (APRS2016), Wien, Österreich, 2016 mehr
2016
D. M. Borgmann, S. Mayr, H. Polin, S. Schaller, V. Dorfer, L. Obritzberger, T. Endmayr, C. Gabriel, S. M. Winkler, J. Jacak - Single Molecule Fluorescence Microscopy and Machine Learning for Rhesus D Antigen Classification - Scientific Reports, Vol. 6, No. 32317, 2016 mehr
2015
M. Danzer, J. Weinberger, R. Jimenez-Heredia, S. Schaller, S. Süssner, S. M. Winkler, J. Sunzenauer, R. Oberbauer, H. Steitzer, C. Gabriel - Profiling the T- and B-cell receptor repertoire of a patient with acute kidney rejection by high-throughput sequencing - Proceedings of the 29th European Immunogenetics… mehr
2015
V. Dorfer, S. Maltsev, S. M. Winkler, K. Mechtler - Chimeric MS/MS Spectra Identification using MS Amanda - Proceedings of 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (ASMS 2015), St. Louis, Vereinigte Staaten von Amerika, 2015 mehr
2015
J. Jacak, S. Schaller, D. M. Borgmann, S. M. Winkler - Characterization of the Distance Relationship Between Localized Serotonin Receptors and Glia Cells on Fluorescence Microscopy Images of Brain Tissue - MICROSCOPY AND MICROANALYSIS, Vol. 21, No. 4, 2015 mehr
2015
S. Schaller, J. Weinberger, M. Danzer, S. M. Winkler - Detailed Analysis of Clonality, Diversity, and Gene Frequency Distributions in B- & T-Cell Receptors based on NGS Data - Proceedings of the VIB Conference Series: Revolutionizing Next-Generation Sequencing: Tools and Technologies, Leuven, Belgien,… mehr
2015
S. Schaller, J. Weinberger, R. Jimenez-Heredia, M. Danzer, S. M. Winkler - ImmunExplorer (IMEX): A detailed analysis of the health status of the immune system using NGS immunoglobulin and T cell receptor IMGT/HighV-QUEST data - 4th European Congress of Immunology, Vienna, Österreich, 2015 mehr
2015
S. Schaller, J. Weinberger, M. Danzer, S. M. Winkler - Modelling States of Human Adaptive Immune Systems by Analyzing B- and T-Cell Receptors using Machine Learning - Lecture Notes in Computer Science LNCS 9520, Las Palmas, Gran Canaria, Spanien, 2015 mehr
2015
V. Dorfer, S. Maltsev, S. Dreiseitl, K. Mechtler, S. M. Winkler - A Symbolic Regression Based Scoring System Improving Peptide Identifications for MS Amanda - Proceedings of the 11th GECCO Workshop on Medical Applications of Genetic and Evolutionary Computation MedGEC, Madrid, Spanien, 2015 mehr
2015
S. Schaller, J. Weinberger, R. Jimenez-Heredia, M. Danzer, R. Oberbauer, C. Gabriel, S. M. Winkler - ImmunExplorer (IMEX): a software framework for diversity and clonality analyses of immunoglobulins and T cell receptors on the basis of IMGT/HighV-QUEST preprocessed NGS data - BMC Bioinformatics, Vol.… mehr
2014
V. Dorfer, G. Dürnberger, S. M. Winkler, K. Mechtler - Searching Chimeric MS/MS Spectra with MS Amanda - Proceedings of the 12th Austrian Proteomic Research Symposium (APRS 2014), Salzburg, Österreich, 2014 mehr
2014
V. Dorfer, P. Pichler, T. Stranzl, J. Stadlmann, T. Taus, S. M. Winkler, K. Mechtler - MS Amanda, a Universal Identification Algorithm Optimized for High Accuracy Tandem Mass Spectra - Journal of Proteome Research, Vol. 13, No. 8, 2014, pp. 3679-3684 mehr
2014
S. Schaller, J. Weinberger, M. Danzer, S. M. Winkler - ImmunExplorer: A Framework for NGS-based Characterization and Visualization of the Human Immune System - Proceedings of the 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Boston, Vereinigte Staaten von Amerika,… mehr
2014
V. Dorfer, P. Pichler, T. Stranzl, G. Dürnberger, S. M. Winkler, K. Mechtler - A Standalone Version of MS Amanda for Integration into Proteomics Workflows - Proceedings of the 13th Human Proteome Organization World Congress (HUPO 2014), Madrid, Spanien, 2014 mehr
2014
L. Obritzberger, S. Schaller, V. Dorfer, C. Loimayr, S. Hennerbichler, S. M. Winkler - Identification of Endothelial Cell Morphology in Cornea Using Evolution Strategies - Proceedings of the 26th European Modeling and Simulation Symposium EMSS 2014, Bordeaux, Frankreich, 2014 mehr
2014
S. M. Winkler, M. Affenzeller, G. K. Kronberger, M. Kommenda, S. Wagner, W. Jacak, H. Stekel - On the Identification of Virtual Tumor Markers and Tumor Diagnosis Predictors Using Evolutionary Algorithms in Advanced Methods and Applications in Computational Intelligence (Editors: R. Klempous, J. Nikodem,… mehr
2014
J. Weinberger, R. Jimenez-Heredia, S. Schaller, M. Danzer, J. Sunzenauer, S. Süssner, H. Polin, S. M. Winkler, R. Oberbauer, C. Gabriel - Next-generation sequencing based receptor repertoire analysis reveals that expanded B- and T-cells can be found in renal tissue as well as in peripheral blood - Proceedings… mehr
2014
V. Dorfer, P. Pichler, T. Stranzl, S. M. Winkler, K. Mechtler - MS Amanda Stand-Alone for Integration in Proteomics Workflows - Proceedings of 62rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (ASMS 2014), Baltimore, Vereinigte Staaten von Amerika, 2014 mehr
2014
S. Schaller, J. Weinberger, M. Danzer, C. Gabriel, R. Oberbauer, S. M. Winkler - Mathematical Modeling of the Diversity in Human B and T Cell Receptors using Machine Learning - Proceedings of the 26th European Modeling and Simulation Symposium EMSS 2014, Bordeaux, Frankreich, 2014 mehr
2013
J. Jacak, S. Schaller, M. Sams, D. M. Borgmann, R. Silye, S. M. Winkler - Spatial Analysis Approach for the Classification of Localization Microscopy Images - Linz Winter School 2013, Linz, Österreich, 2013 mehr
2013
V. Dorfer, P. Pichler, S. M. Winkler, K. Mechtler - MS Amanda: A Novel Algorithm for the Identification of High Accuracy Tandem Mass Spectrometry Data - Proceedings of 11th Austrian Proteomic Research Symposium (APRS 2013), Innsbruck, Österreich, 2013 mehr
2013
S. M. Winkler, M. Affenzeller, H. Stekel - An Integrated Clustering an Classification Approach for the Analysis of Tumor Patient Data - Lecture Notes in Computer Science LNCS 8111, Las Palmas de Gran Canaria, Spanien, 2013, pp. 230-233 mehr
2013
S. Schaller, J. Jacak, D. Gschwandtner, P. Bettelheim, S. M. Winkler - Identification of PNH Affected Cells by Classifying Motion Characteristics of Single Molecules - Proceedings of the International Workshop on Innovative Simulation for Health Care (IWISH), Athen, Griechenland, 2013, pp. 52-57 mehr
2013
V. Dorfer, P. Pichler, S. M. Winkler, K. Mechtler - MS Amanda: A Novel Algorithm for the Identification of High Accuracy Tandem Mass Spectrometry Data - Proceedings of 61st ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Minneapolis, Vereinigte Staaten von Amerika, 2013 mehr
2013
S. Schaller, J. Jacak, M. Sams, S. M. Winkler - Statistical Analysis of the Relationship between Spots and Structures in Microscopy Images - Lecture Notes in Computer Science LNCS 8111, Las Palmas de Gran Canaria, Spanien, 2013 mehr
2013
S. M. Winkler, M. Affenzeller, H. Stekel - Evolutionary Identification of Cancer Predictors Using Clustered Data - Companion Publication of the 2013 Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO'13 Companion, Amsterdam, Niederlande, 2013, pp. 1463-1470 mehr
2013
S. Schaller, J. Jacak, P. Bettelheim, D. Gschwandtner, S. M. Winkler - Analyzing Motion Characteristics of Single Molecules for Providing Evidence of PNH in Microscopy Images - Proceedings of the 21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Berlin, Deutschland,… mehr
2013
R. Rid, W. Strasser, D. Siegl, C. Frech, M. Kommenda, T. Kern, H. Hintner, J. W. Bauer, K. Oender - PRIMOS: An Integrated Database of Reassessed Protein–Protein Interactions Providing Web-Based Access to In Silico Validation of Experimentally Derived Data - ASSAY and Drug Development Technologies,… mehr
2012
S. M. Winkler, M. Affenzeller, W. Jacak, H. Stekel - Data Based Prediction of Tumor Diagnoses and the Role of Tumor Markers - Proceedings of the 20th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Long Beach, CA, Vereinigte Staaten von Amerika, 2012 mehr
2012
S. Schaller, S. M. Winkler, J. Weghuber, M. Sams, J. Jacak - µDetect: Design of a Framework for Optimized Structure Analysis in Fluorescence Microscopy Images - Tagungsband des 6. Forschungsforums der österreichischen Fachhochschulen, Graz, Österreich, 2012, pp. 125-129 mehr
2012
S. M. Winkler, M. Affenzeller, H. Stekel - Analysis of the Relevance of Blood Parameters and Virtual Tumor Markers in Tumor Diagnosis Prediction - Proceedings of IEEE APCAST'12 Conference, Sydney, Australien, 2012 mehr
2012
S. M. Winkler, M. Affenzeller, G. K. Kronberger, M. Kommenda, S. Wagner, W. Jacak, H. Stekel - Analysis of Selected Evolutionary Algorithms in Feature Selection and Parameter Optimization for Data Based Tumor Marker Modeling - LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE, Vol. 6927, No. 1, 2012, pp. 335-342 mehr
2012
V. Dorfer, P. Pichler, S. M. Winkler, K. Mechtler - Identifying HCD & ETD spectra – a new approach - Proceedings of the 10th Austrian Proteomic Research Symposium, Graz, Österreich, 2012 mehr
2012
S. M. Winkler, M. Affenzeller, G. K. Kronberger, M. Kommenda, S. Wagner, W. Jacak, H. Stekel - Variable Interaction Networks in Medical Data - Proceedings of the 24th European Modeling and Simulation Symposium EMSS 2012, Vienna, Österreich, 2012, pp. 265-270 mehr
2011
V. Dorfer, S. M. Winkler, T. Kern, S. Blank, G. Petz, P. Faschang - Keyword Clustering in Biomedical Information Retrieval Using Evolutionary Algorithms - Proceedings of the 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) and 10th European Conference on Computational… mehr
2011
S. M. Winkler, M. Affenzeller, W. Jacak, H. Stekel - Identification of Cancer Diagnosis Estimation Models Using Evolutionary Algorithms - A Case Study for Breast Cancer, Melanoma, and Cancer in the Respiratory System - Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference GECCO 2011, Dublin,… mehr
2011
S. M. Winkler, M. Affenzeller, G. K. Kronberger, M. Kommenda, S. Wagner, W. Jacak, H. Stekel - Analysis of Selected Evolutionary Algorithms in Feature Selection and Parameter Optimization for Data Based Tumor Marker Modeling - Proceedings of International Conference on Computer Aided Systems Theory EUROCAST… mehr
2011
M. Affenzeller, S. M. Winkler, W. Jacak, H. Stekel - Cancer Prediction Models Based on Blood Data with and without Tumor Marker Information - Jahrestagung 2011 der Deutschen, Österreichischen und Schweizerischen Gesellschaften für Hämatologie und Onkologie, Basel, Deutschland, 2011 mehr
2011
S. M. Winkler, M. Affenzeller, W. Jacak, H. Stekel - Data Based Prediction of Classification of Tumor Markers AFP, CA-125, CA15-3, CEA, CYFRA, and PSA. - Journal of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine, Berlin, Deutschland, 2011 mehr
2011
V. Dorfer, S. M. Winkler, T. Kern, S. Blank, G. Petz, P. Faschang - On the Performance of Evolutionary Algorithms in Biomedical Keyword Clustering - Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference GECCO 2011, Dublin, Irland, 2011 mehr
2011
B. Parsapour, H. Brandstaetter-Mueller, A. Hoelzlwimmer, G. Lirk, P. Kulczycki - Performante Berechnung von DNA-Primern mittels GPGPUs im Hochdurchsatzverfahren - Tagungsband FFH 2011 (5. Forschungsforum der österreichischen Fachhochschulen), Wien (Favoriten), Österreich, 2011, pp. 2 mehr
2011
V. Dorfer, S. M. Winkler, T. Kern, G. Petz, P. Faschang - Analysis of Single-Objective and Multi-Objective Evolutionary Algorithms in Keyword Cluster Optimization - Proceedings of International Conference on Computer Aided Systems Theory EUROCAST 2011, Las Palmas, Spanien, 2011, pp. 3 mehr
2011
S. M. Winkler, M. Affenzeller, W. Jacak, H. Stekel - Heuristic Tumor Markers - Data Based Identification of Classification Models for Tumor Markers. - Jahrestagung 2011 der Deutschen, Österreichischen und Schweizerischen Gesellschaften für Hämatologie und Onkologie, Basel, Deutschland, 2011 mehr
2011
S. M. Winkler, M. Affenzeller, H. Stekel - Genetic Programming for the Data Based Generation of Medical Diagnosis Models. - Journal of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine, Berlin, Deutschland, 2011 mehr
2011
S. M. Winkler, M. Affenzeller, G. K. Kronberger, M. Kommenda, S. Wagner, W. Jacak, H. Stekel - Data Based Identification of Estimation Models for Tumor Markers Using Evolutionary Computation - Proceedings of the 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)… mehr
2011
H. Brandstätter-Müller, B. Parsapour, A. Hoelzlwimmer, G. Lirk, P. Kulczycki - Improving Job Scheduling on a Heterogeneous Cluster by Predicting Job Execution Times Using Heuristics - Proccedings of 23rd IEEE European Modeling & Simulation Symposium EMSS 2011, Roma, Italien, 2011, pp. 488-495 mehr
2011
S. M. Winkler, M. Affenzeller, G. K. Kronberger, M. Kommenda, S. Wagner, W. Jacak, H. Stekel - On the Use of Estimated Tumor Marker Classifications in Tumor Diagnosis Prediction - A Case Study for Breast Cancer - Proccedings of 23rd IEEE European Modeling & Simulation Symposium EMSS 2011, Roma, Italien,… mehr
2010
H. Brandstaetter-Mueller, A. Hoelzlwimmer, B. Parsapour, G. Lirk, P. Kulczycki - An Application Framework for the Scheduling of HPC Jobs on Hybrid Hardware Platforms for Solving Bioinformatical Problems - 55. GMDS-Jahrestagung, Mannheim, Deutschland, 2010, pp. 354-355 mehr
2010
S. M. Winkler, M. Affenzeller, W. Jacak, H. Stekel - Classification of Tumor Marker Values Using Heuristic Data Mining Methods - Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference GECCO 2010, Portland, Vereinigte Staaten von Amerika, 2010, pp. 8 mehr
2010
S. M. Winkler - Structural Versus Evaluation Based Solutions Similarity in Genetic Programming Based System Identification - Proceedings of the 2010 Workshop on Nature Inspired Cooperative Strategies for Optimization (NICSO 2010), Granada, Spanien, 2010 mehr
2010
C. Fischer, L. Bloder, C. Neumüller, S. Pimminger, M. Affenzeller, S. M. Winkler, H. Stekel, R. Frechinger - Prediction of Blood Demands in a Hospital - 22nd European Modeling and Simulation Symposium EMSS 2010, Fes, Marokko, 2010, pp. 6 mehr
2010
V. Dorfer, S. M. Winkler, T. Kern, G. Petz, P. Faschang - Optimization of Keyword Grouping in Biomedical Information Retrieval Using Evolutionary Algorithms - 22nd European Modeling and Simulation Symposium EMSS 2010, Fes, Marokko, 2010, pp. 25-30 mehr
2010
S. M. Winkler, M. Affenzeller, G. K. Kronberger, S. Wagner, W. Jacak, H. Stekel - Feature Selection in the Analysis of Tumor Marker Data Using Evoutionary Algorithms - 22nd European Modeling and Simulation Symposium EMSS 2010, Fes, Marokko, 2010, pp. 1-6 mehr
2010
S. M. Winkler, S. Auer, M. Affenzeller - Heuristische Modellierung der Krankheitsverlaufsdaten von Menschen mit Alzheimer Demenz - Tagungsband des 4. Forschungsforums der österreichischen Fachhochschulen, Pinkafeld, Österreich, 2010, pp. 23-28 mehr
2009
P. Kulczycki, H. Brandstaetter-Mueller, G. Lirk - Bioinformatics Resource Facility Hagenberg—Building High Performance Computing Services for Solving Bioinformatical Problems - Proceedings of 21st European Modeling and Simulation Symposium EMSS 2009, Tenerife, Spanien, 2009 mehr
2009
T. Kern, M. Kommenda, V. Dorfer, J. W. Bauer, K. Oender - PRIMOS: AN INTEGRATED PLATFORM FOR EXPLORING PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS - Proceedings of 21st European Modeling and Simulation Symposium EMSS 2009, Tenerife, Spanien, 2009, pp. 6 mehr
2009
S. M. Winkler, M. Affenzeller, S. Wagner - Fine Grained Population Diversity Analysis for Parallel Genetic Programming - Proceedings of the IEEE International Parallel & Distributed Processing Symposium IPDPS 2009, Roma, Italien, 2009, pp. 8 mehr
2009
S. M. Winkler, S. Auer, M. Affenzeller, Y. Donabauer, B. Reisberg - Heuristic Modeling of the Mental Progress of Persons with Normal Brain Aging, Subjective Cognitive Impairment, Mild Cognitive Impairment, Alzheimer's Disease and Related Dementia Disorders - Proceedings of 21st European Modeling… mehr
2009
S. M. Winkler, M. Affenzeller, S. Wagner, G. K. Kronberger - Analyse von Patientendaten und Evolutionäres Design von Virtuellen Sensoren für Erkrankungen - Tagungsband des 3. Forschungsforums der österreichischen Fachhochschulen, Fachhochschule Kärnten, Villach, Österreich, 2009, pp. 56-61 mehr
2009
C. Frech, K. Breuer, B. Ronacher, T. Kern, C. Sohn, G. Gebauer - hybseek: Pathogen primer design tool for diagnostic multi-analyte assays - COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE, Vol. 94, No. 1, 2009, pp. 6 mehr
2009
S. M. Winkler, M. Affenzeller, S. Wagner - Using Enhanced Genetic Programming Techniques for Evolving Classifiers in the Context of Medical Diagnosis - Genetic Programming and Evolvable Machines, Vol. 10, No. 2, 2009, pp. 111-140 mehr
2009
M. Affenzeller, S. M. Winkler, S. Wagner, A. Beham - Genetic Algorithms and Genetic Programming - Consortium of Higher Education Researchers, 2009 mehr
2009
C. Frech, M. Kommenda, V. Dorfer, T. Kern, H. Hintner, J. W. Bauer, K. Oender - Improved Homology-driven Computational Validation of Protein-Protein Interactions Based on Evolutionary Gene Duplication and Divergence Hypothesis - BMC Bioinformatics, Vol. 10, No. 1, 2009, pp. 18 mehr
2008
M. Kommenda, C. Frech, V. Dorfer, T. Kern, J. W. Bauer, K. Oender - Integration und Bereinigung von Protein-Protein-Interaktionsdaten - Proceedings of FFH2008 Fachhochschul Forschungs Forum, Wels, Österreich, 2008, pp. 434-438 mehr
2008
S. M. Winkler - Evolutionary System Identification - Modern Concepts and Practical Applications, 2008 mehr
2007
C. Frech - Probabilistic Assessment of Protein-Protein Interaction Confidence by Large-Scale Analysis of Homologous Protein-Protein Interactions - Master/Diploma Thesis, FH OÖ Fakultät Hagenberg, Österreich, 2007, pp. 1-109 mehr
2007
S. M. Winkler, M. Affenzeller, S. Wagner - Advanced Genetic Programming Based Machine Learning - Journal of Mathematical Modelling and Algorithms, Vol. 6, No. 3, 2007, pp. 455-480 mehr
2007
W. Strasser, D. Siegl, K. Oender, J. W. Bauer - InSilico Proteomics System: Integration and Application of Protein and Protein-Protein Interaction Data using Microsoft .NET in Integrative Bioinformatics (Editors: R. Hofestädt, T. Töpel) - Shaker Verlag, 2007, pp. 75-86 mehr
2007
W. Strasser, T. Kern, C. Frech, M. Kommenda, J. W. Bauer, K. Oender - Integration und Bereinigung von Protein-Protein-Interaktionsdaten - ISMB/ECCB 2007 Conference Proceedings, Wien, Österreich, 2007, pp. 434-438 mehr
2006
S. M. Winkler, M. Affenzeller, S. Wagner - Automatic Data Based Patient Classification Using Genetic Programming - Cybernetics and Systems 2006, Wien, Österreich, 2006, pp. 251-256 mehr
2006
S. M. Winkler, M. Affenzeller, S. Wagner - HeuristicModeler: A Multi-Purpose Evolutionary Machine Learning Algorithm and its Applications in Medical Data Analysis - Proceedings of the International Mediterranean Modelling Multiconference (I3M 2015), Barcelona, Spanien, 2006, pp. 629-634 mehr
2006
S. M. Winkler, M. Affenzeller, S. Wagner - Using Enhanced Genetic Programming Techniques for Evolving Classifiers in the Context of Medical Diagnosis - An Empirical Study - Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference GECCO 2006, Seattle, Vereinigte Staaten von Amerika, 2006, pp.… mehr
2005
K. Breuer - Using a Knowledge-based System for Validating and Classifying Requests in Large-scale Laboratories, Considering Preliminary Diagnoses. - Proceedings of FH Science Day 2005, Steyr, Österreich, 2005, pp. 7 mehr
2005
S. M. Winkler, M. Affenzeller, S. Wagner - A Genetic Programming Based Tool for Supporting Bioinformatical Classification Problems - Proceedings of FH Science Day 2005, Steyr, Österreich, 2005, pp. 3-10 mehr
2005
K. Oender, T. Kern, W. Strasser, K. Richter, H. Hintner, J. W. Bauer - The function of the N-terminal domain of TGF-ßII: A systematic genome-wide protein-protein interaction study in human keratinocytes - JOURNAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY, Vol. 125, No. 3, 2005, pp. 2 mehr
2004
K. Oender, T. Kern, W. Strasser, K. Richter, H. Hintner, J. W. Bauer - The actin-ECM (extracellular matrix) linkage defects caused by mutations in the Kindlin1 gene are mediated by actinin alpha in Archives of Dermatological Research (Editors: N. Nescio) - Springer Vieweg, 2004, pp. 1 mehr
2004
T. Kern, K. Breuer, D. Siegl, W. Strasser - Knowledge-Based Systems for Biomedical Laboratory Applications - Proceedings of 2004 IEEE International Conference on Information Reuse and Integration, Las Vegas, Vereinigte Staaten von Amerika, 2004, pp. 314-319 mehr
2015
Chronische Krankheiten schränken die Lebensqualität und das Wohlbefinden betroffener Personen stark ein. Ziel dieses Projekts ist die Entwicklung einer Plattform zur Unterstützung von Selbsthilfestrategien… mehr
2014
Das adaptive Immunsystem (in erster Linie repräsentiert durch B- und T-Zellen) spielt eine lebenswichtige Rolle bei der Erkennung von potenziellen Krankheitserregern, wie z.B. pathogenen Mikroorganismen… mehr
2013
Im Rahmen des Regio 13 Projekts "Transplant – Marker für humorale und zelluläre Abstoßung nach Nierentransplantation" (Konsortialführer: Blutzentrale des OÖRK) wird… mehr
2013
2013
Fluorescence microscopy is going to become one of the core technologies for biomedical research and diagnostics. Therefore, image analysis is an increasing challenge for biomedical researchers. In the… mehr
2013
Zur Identifikation von Proteinen in biologischen Proben kommt üblicherweise Massenspektrometrie (MS) zum Einsatz: Proteine werden verdaut, die daraus resultierenden Peptide (Fragmente von Proteinen)… mehr
2012
2011
Im Rahmen des Projekts MS Amanda entwickelt die FH OÖ Forschungs & Entwicklungs GmbH an der Fakultät für Informatik, Kommunikation und Medien eine prototypische Implementierung von Algorithmen… mehr
2011
Rezeptor-Proteine auf der Oberfläche von menschlichen Zellen spielen eine Schlüsselrolle bei der Weiterleitung von Signalen aus der Umgebung in das Innere der Zelle. Ein komplexes Netzwerk dieser… mehr
2010
In unserer modernen Wissensgesellschaft stellt der effektive Umgang mit meist unstrukturierteren und exponentiell wachsenden Datenmengen eine der größten Herausforderungen an die Informatik… mehr
2007
Im Rahmen einer F&E-Projektkooperation wird ein Laborbeauftragungssystem für eine Gruppe von Testlaboren entwickelt. mehr
2005
Aktuelle molekularbiologische Screening Methoden sind nur für einzelne Mikroorganismen und Viren anwendbar. Speziell für die klinische Gynäkologie sind solche Methoden nicht nur zeitintensiv und teuer… mehr
2005
Die Entwicklung von Medikamenten, insbesonders von Anti-Infektiva, stellt heutzutage ein Unterfangen mit hohem Risiko dar, denn lange Entwicklungszeiten und vor allem hohe Entwicklungskos-ten stehen einer… mehr
2005
Bei der Analyse von biologischen Proben ist besonders die Kombination von vorhandenen Proteinen interessant. Die Kenntnis der Proteine ermöglicht einen tiefen Einblick in die Vorgänge in einem Organismus… mehr
2003
Den menschlichen Körper und seine interzellularen Prozesse zu verstehen, detailliertes Wissen über Gesundheit und Krankheit zu erhalten und bessere Diagnose- und Behandlungsmöglichkeiten zu entwickeln… mehr